制药工程专业是依托福州大学的两个国家级重点学科（化学、化学工程）及省级重点学科（药学）而兴办的交叉性专业，已通过中国工程教育专业认证，是国家级一流本科专业建设点、福建省高等学校服务产业特色专业和福州大学品牌专业。制药工程专业培养具有化学、药学、工程学等学科基础知识，系统掌握制药工程专业知识和技能，并能从事药品与其它化学品的技术开发和工程设计的研究开发型和技术应用型高级工程技术人才。学生毕业后，可在制药工程（或医药生物技术）领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门从事药品生产、管理、营销、检验监督、研发和工程设计等工作，也可在药学、化学、制药工程或生物化工等学科领域继续深造。